Χρέη και απαιτήσεις της από τους φορολογουμένους με πιθανή επιστροφή φόρου που τους αναλογεί, όπως είναι ο ΕΝΦΙΑ, μπορεί να συμψηφίζει αυτόματα η εφορία, εναρμονισμένη με την ισχύουσα Ελληνική νομοθεσία, υπό την προυπόθεση ωστόσο οι φορολογούμενοι να κάνουν τη σχετική αίτηση στη ΔΟΥ τους προκειμένου να γίνει ο συμψηφισμός, γιατί οι ΔΟΥ δεν μπορούν να το πράξουν αυτεπάγγελτα.
Αν ο φορολογούμενος δεν προχωρήσει σε αίτηση συμψηφισμού, τότε θα πρέπει να πληρώσει κανονικά την πρώτη δόση του ΕΝΦΙΑ το Σεπτέμβριο, αλλά δεν είναι βέβαιο ότι θα του αποδοθεί μέχρι τότε η επιστροφή φόρου. Σε περίπτωση καθυστέρησης πληρωμής του ΕΝΦΙΑ επιβάλλεται το σχετικό πρόστιμο ακόμη και αν η εφορία του χρωστά ακόμη την επιστροφή, ενώ τονίζεται πως αν η επιστροφή φόρου είναι μεγαλύτερη, τότε θα κρατηθεί ο ΕΝΦΙΑ και η υπόλοιπη επιστροφή θα αποδοθεί στο φορολογούμενο.
Αντίθετα αν ο ΕΝΦΙΑ είναι μεγαλύτερος, τότε θα αφαιρεθεί το ποσό της επιστροφής και θα πρέπει να καταβληθεί στην εφορία το υπόλοιπο ποσό. Σε αυτή την περίπτωση χρειάζεται προσοχή γιατί το υπόλοιπο πρέπει να καταβληθεί αμέσως και όχι σε δόσεις, όπως αποπληρώνεται κανονικά ο ΕΝΦΙΑ.
Από την δική τους πλευρά οι πλέον αρμόδιοι λογιστές και εφοριακοί, υποστηρίζουν ότι η ύπαρξη χρεών προς την εφορία, ακόμη και μη ληξιπρόθεσμων μπλοκάρει η διαδικασία επιστροφής φόρου. Αν η επιστροφή φόρου ισούται με τον ΕΝΦΙΑ που καλείται να πληρώσει ο φορολογούμενος, τότε τα ποσά θα συμφηψιστούν ακριβώς.